Фамилия Канушкина образована от имени Канушка — просторечной, обиходной формы целого ряда крестильных имён: Кандид, Никандр или Никанор. Такое сокращение имени до уменьшительно-ласкательного было обычным для русской деревни: длинные и редкие в быту имена «обкатывались» до коротких и удобных в произношении форм.

В основе имени Кандид лежит латинское слово candidus — «ослепительно белый, белоснежный», а также «чистый, искренний, ясный». Имя Никандр составлено из греческих корней: nike («победа») и andros («муж, мужчина»), а Никанор переводится как «увидевший победу». Какое именно из этих имён дало начало форме Канушка, сказать сложно — все три были в ходу у духовенства и простых людей, хотя встречались нечасто.

Фамилия образована по типичной модели: к основе Канушк- прибавлен суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство по отцу. То есть Канушкины — это буквально «дети Канушки». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а, -я, что подтверждает народное, неаристократическое происхождение фамилии. Скорее всего, основатель рода был крестьянином или посадским человеком, а сама фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, где такие уменьшительные имена были особенно распространены.