Фамилия Канушкин — одна из тех, что образована от домашней, обиходной формы имени. В её основе лежит имя Канушка, которое на Руси служило ласкательным или сокращённым вариантом сразу для нескольких канонических имён: Кандид, Никандр и Никанор. Такая многозначность типична для народной традиции — в быту одно и то же прозвище могли дать разным людям, а уж от какого полного имени оно пошло, сейчас можно только предполагать.

Самое прямое соответствие — имя Кандид. Оно восходит к латинскому candidus, что значит «ослепительно белый», «сияющий», «чистый» или «искренний». В христианских святцах это имя встречается, но большой популярностью на Руси не пользовалось — возможно, потому и давало необычную уменьшительную форму. Два других возможных источника — Никандр и Никанор. Оба греческого происхождения и связаны с корнем nikē — «победа». Никандр буквально означает «победоносный муж» (от nike и andros — «мужчина»), а Никанор — «увидевший победу». В повседневной речи эти длинные имена тоже сокращали до Канушки, отбрасывая первые слоги.

Фамилия построена по стандартной модели: к основе Канушк- добавили суффикс -ин, который в русском языке указывает на принадлежность — «чей?» — и отвечает на вопрос «сын Канушки». Такая модель была распространена в северных и центральных областях России, где преобладали фамилии на -ин, в отличие от южных, где чаще встречался суффикс -ов.

Поскольку фамилия редкая, её география довольно узкая. Основные очаги — Псковская, Тверская и Новгородская области, что косвенно подтверждает северное происхождение модели на -ин. Встречается она и в среде староверов, которые иногда сохраняли в быту архаичные имена и их производные.

Сословной привязки у фамилии нет: Канушкиными могли быть и крестьяне, и мещане, и священники. Но в силу редкости исходных имён (особенно Кандида) можно предположить, что предки носителя фамилии, скорее всего, жили в относительно замкнутой среде, где такие имена передавались по традиции внутри семьи или общины.