Фамилия Канушина — женская форма фамилии Канушин, и её происхождение следует искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Словообразовательная модель здесь проста и типична для русского севера и центра: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Канушин — это сын или потомок человека по прозвищу Кануша.

Самая вероятная основа фамилии — диалектное слово «кануша». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «канушей» могли называть человека, который постоянно «канует», то есть причитает, плачет, ноет или жалуется. Глагол «кануть» в этом значении известен в архангельских и вологодских говорах. Таким образом, прозвище Кануша мог получить капризный, плаксивый ребёнок или взрослый с похожей манерой поведения. Прозвища по поведению давали часто, и они легко закреплялись в качестве фамилий, если человек был заметен в общине.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с каноническим именем Канон (от греческого «канон» — правило, норма). В народном произношении имя Канон могло превратиться в Кануша: это типичный случай усечения и добавления суффикса, как, например, Иван → Ивануша. Однако имя Канон в русской среде было редким, встречалось в основном в среде духовенства, поэтому эта версия менее вероятна для массовой фамилии.

Интересно, что фамилия Канушин (и Канушина) географически привязана к Русскому Северу. По данным переписей и архивов, наибольшая концентрация носителей зафиксирована в Архангельской области, а также в соседних районах Вологодчины и Коми. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в этих местах слово «кануша» имело хождение. Южнее фамилия встречается редко, и это отличает её от множества «общерусских» фамилий на -ин, разбросанных по всей стране.

В старину такие фамилии, как Канушин, чаще всего принадлежали крестьянам и посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, хотя север России граничит с этими языковыми мирами. Всё указывает на чисто русскую, диалектную основу, за которой стоит живая, нелитературная речь предков.