Фамилия Карнушина — это почти наверняка «окающий» вариант фамилии Корнушина. В русских говорах, где аканье (произношение «а» вместо «о» без ударения) стало нормой, письменная форма со временем закрепилась за носителями. Основа та же: имя Корнуша, уменьшительная форма от крестильного имени Корнелий. Латинское cornu переводится как «рог».

Корнелий — имя римского происхождения, в святцы попало через первых христианских мучеников. В народной среде полное имя звучало тяжеловато, поэтому его сокращали до Корнюши, Корнея или Корнуши. Суффикс -уш- в имени Корнуша — ласкательный, характерный для простонародной речи. Значит, предок носителя фамилии был человеком не из знатного рода: полные имена в документах давали дворянам и духовенству, а крестьяне и горожане часто записывались по прозвищам и уменьшительным формам.

В архивных документах фамилия встречается с XIX века. Например, в Книге памяти Алтайского края записан Карнушин Иван Иванович, родившийся в 1890 году в Томской губернии. А в архивах УВД Воронежской области есть сведения о Карнушине Дмитрии Васильевиче 1897 года рождения из Щучинского района. Оба региона — зона активного аканья, что подтверждает фонетическую природу перехода «о» в «а».

Редкость фамилии в том, что она не получила широкого распространения. В отличие от Корнушиных, встречающихся чаще, форма Карнушина осталась локальной. Сравните с однокоренными фамилиями: Корнеев, Корнилов, Корнюшин — все они образованы от того же имени Корнелий, но с разными суффиксами. Карнушина стоит особняком именно из-за акающего произношения, которое закрепилось на письме.