Фамилия Карнушин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Буквально: «сын Карнуши». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Карнуша, а оно, в свою очередь, восходит к слову «карна» или «карный» — в старых русских говорах так называли человека с необычной, часто курносой или приплюснутой носовой перегородкой. В словаре В. И. Даля «карной» — курносый, а «карноухий» — с обрезанным, повреждённым ухом. Скорее всего, прозвище Карнуша получил человек по характерной черте лица: либо с заметно вздёрнутым носом, либо с какой-то особенностью уха.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая оснований. В некоторых говорах «карна» — это ворона. Тогда прозвище могло быть дано по повадкам или внешнему сходству: чёрные волосы, картавость, крикливый голос. Однако первое объяснение (курносость) встречается в ономастической литературе чаще и считается основным.

Фамилия Карнушин — относительно редкая. Она встречается в Поволжье, особенно в Нижегородской области и в Чувашии, а также на Урале. В этих регионах хорошо сохранились прозвищные фамилии, не связанные с официальными церковными именами. В метрических книгах XIX века Карнушины записаны в основном как государственные крестьяне и однодворцы — то есть люди, не знавшие крепостной зависимости.

Интересная деталь: фамилия Карнушин не имеет «двойников» с суффиксом -ов (Карнушов), что говорит о её относительно позднем закреплении и локальном бытовании. В русской ономастике такие фамилии — с суффиксом -ин от прозвищ на мягкий согласный — нередко указывают на северную или восточную зону расселения. Так что предки современных Карнушиных, скорее всего, жили в лесной или приволжской полосе, занимались земледелием и ремёслами, а фамилию получили по меткой, необидной черте одного из родоначальников.