Фамилия Канушин — редкий пример того, как акающие говоры изменили звучание исходного слова. В основе лежит прозвище Кануша, которое, скорее всего, образовано от слова «конь» с заменой корневого «о» на «а». Такое чередование — не ошибка, а устойчивая черта южнорусских и среднерусских говоров, где безударное «о» произносилось как «а» и со временем закрепилось на письме.

Прозвище Кануша могло указывать на род занятий: уход за лошадьми, работа конюхом, извоз или коневодство. Другая версия — метафорическая: конь в народной культуре символизировал силу, выносливость и трудолюбие, и такое прозвище могли дать крепкому, работящему человеку. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» зафиксирована близкая фамилия Конищев (Федор, слуга Троицкого монастыря, 1613 год), что подтверждает активное использование «конской» темы в прозвищах того времени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Канушин буквально означал «сын Кануши». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а. Поскольку прозвище Кануша — редкое, фамилия Канушин встречается нечасто, что говорит о её локальном происхождении, возможно, в районах с акающим произношением.