Фамилия Какушин — редкий пример, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Модель на -ин говорит о том, что в основе лежит имя или прозвище на -а/-я: Какуша. Это типичная патронимическая форма: «чей?» — Какушин, то есть сын или потомок Какуши.

Основная сложность — в толковании самого слова «Какуша». Самая вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «какать» в значении «пачкать, марать». В русских говорах «какуша» — это не только детское обозначение экскрементов, но и прозвище неопрятного, неряшливого человека. В ономастике такие «бытовые» прозвища встречаются часто: они давались не в обиду, а как меткая характеристика, которая закреплялась за родом.

Менее распространённая гипотеза выводит «Какушу» из тюркских языков, где корень kak может означать «твёрдый», «сухой» или «упрямый». Однако для фамилии с русским суффиксом -ин такое объяснение требует доказательств бытования прозвища именно в русско-тюркском пограничье, что маловероятно для столь редкой фамилии. Географически Какушины встречаются разрозненно, без ярко выраженного «гнезда», что тоже типично для прозвищной фамилии, возникшей в одном конкретном селе или семье.

Словообразовательная конструкция проста: основа Какуш- + суффикс принадлежности -ин. Фамилия не дворянская и не искусственная (семинарская), а крестьянская или мещанская по происхождению. Никакого отношения к «кушакам» или «каше» она не имеет — это ложные этимологии, которые возникают из-за созвучия.