Фамилия Какушина образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Какушин. Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Какуша. Именно разбор этого исходного слова даёт ключ к происхождению фамилии, хотя однозначного ответа здесь нет, и ономасты предлагают несколько версий.

Наиболее вероятная гипотеза связывает прозвище Какуша с диалектным глаголом «какать» или «какушить» — в некоторых русских говорах это означало «пачкать», «марать», «делать небрежно». Прозвище могли дать неаккуратному человеку, ребёнку, который часто пачкался, или, в переносном смысле, грязнуле. Менее распространённая, но тоже возможная версия — от слова «какуха» в значении «куколка», «бабочка» (в некоторых регионах так называли личинок насекомых). Третья гипотеза, самая редкая, предполагает связь с тюркскими корнями, где «как» могло означать «твёрдый», «крепкий», но для фамилии Какушина это маловероятно из-за отсутствия тюркского аффикса.

Фамилия Какушина встречается преимущественно в центральных и северо-западных областях России, особенно в Вологодской, Костромской и Архангельской губерниях, где диалектная лексика с корнем «как-» была распространена. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение — прозвища, лёгшие в основу фамилии, часто возникали в среде простых людей, а не дворянства.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Какушкин, Какушев, Какушин — показывает, что все они образованы от одного прозвища, но с разными суффиксами. Какушкин — вариант с уменьшительным суффиксом -к-, Какушев — с притяжательным -ев (от более мягкой основы). Какушина — форма женского рода, указывающая на то, что фамилия передалась по женской линии или принадлежит женщине. В исторических документах фамилия встречается с XVII века, например, в переписных книгах Вологодского уезда упоминаются крестьяне Какушины.