Фамилия Каркушина образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Каркушин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Каркуша. Основа здесь — не имя, а прозвище, данное по характерному поведению или внешности.

Каркуша в народной речи — это либо ворона (от глагола «каркать»), либо прозвище крикливого, болтливого человека, который постоянно «каркает», то есть говорит неприятные вещи или просто много и громко. В некоторых говорах «каркуша» означала также сварливую женщину или плаксу. Таким образом, фамилия Каркушина восходит к прозвищу предка, который выделялся голосом или манерой речи.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «каркуша» в значении «небольшая рыбка» (ерш или бычок) в некоторых северных и волжских говорах. Тогда прозвище мог получить рыбак или человек маленького роста. Однако эта гипотеза уступает первой по распространённости: подавляющее большинство русских фамилий на -ин образовано от прозвищ, а не от названий рыб.

В исторических документах фамилия встречается в основном в центральных и северных регионах России. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Каркуша (XV век, Новгород), что подтверждает древность прозвища. Важно не путать фамилию Каркушина с однокоренной Каркавина — та происходит от другого диалектного варианта («каркать» — говорить хрипло), но модель образования та же.

С точки зрения социального контекста, фамилия Каркушина относится к «простым» крестьянским, поскольку прозвищные фамилии на -ин редко встречались у дворянства, которое чаще носило фамилии на -ов/-ев или -ский. Носительница фамилии может быть уверена: её предок был заметным человеком в своей среде — либо острым на язык, либо обладателем громкого голоса, что в деревенском быту не было редкостью, но закрепилось в родовом имени.