Фамилия Каркушко — типичный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -ко. В славянской ономастике этот суффикс чаще всего указывал на происхождение по отцу: Каркушко буквально означало «сын Каркуши», «маленький Каркуша» или «потомок Каркуши». Таким образом, в основе лежит не имя, а прозвище Каркуша.

Откуда взялось это прозвище? Версий несколько, и все они связаны с украинским языком и народным бытом. Самая прямая — от глагола «каркати» (каркать, кричать по-вороньи). Так могли прозвать человека, который умел подражать птичьему крику, или же обладателя хриплого, резкого голоса. В переносном смысле «каркати» означало «накликать беду» — поэтому прозвище могло закрепиться за пессимистом или человеком, чьи мрачные предсказания сбывались. Третье, бытовое значение того же глагола — «кряхтеть», то есть Каркушей могли назвать того, кто постоянно охает и жалуется.

Есть и другая, менее очевидная версия, связанная с внешностью. Украинское слово «коркоші» означает «плечи», а «карк» — «шея». В этом случае прозвище Каркуша могло указывать на физическую стать: широкоплечего, коренастого человека или того, у кого была приметная шея — толстая, короткая или, наоборот, тонкая. Такие прозвища по внешним признакам были в ходу не реже, чем по поведению.

Важный момент: в отличие от русской фамилии Каркуша (где то же прозвище застыло без дополнительного суффикса), форма Каркушко — чисто украинская по способу образования. Она распространена на территории современной Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские казаки и крестьяне. В официальных документах Российской империи такие фамилии часто русифицировали, меняя окончание на -ов (Каркушков), но исходный вариант сохранился в народной среде.