Фамилия Какуша — это застывшая форма родительного падежа, то есть отчество: «Какуша» означало «сын Какуша» или «из семьи Какуша». В основе лежит прозвище Какуш, которое образовалось при помощи уменьшительно-ласкательного суффикса -уш. Сама по себе такая словообразовательная модель (основа + -уш) типична для прозвищ, описывающих характер, занятие или внешность человека, но корень здесь неочевидный — ономасты предлагают несколько версий его происхождения.

Наиболее обоснованной выглядит версия о литовском глаголе kakti — «отправляться, идти, ехать, держать путь». Это слово могло закрепиться в русских говорах в период польско-литовского влияния. В таком случае прозвище Какуш давали гонцу, послу или купцу, который постоянно находился в разъездах. Человека, чья жизнь проходила в дороге, легко могли прозвать по действию — «тот, кто постоянно куда-то направляется».

Согласно другой гипотезе, прозвище имеет болгарские корни и восходит к слову «кака» — «старшая сестра» или «тетя». Какушем могли назвать ребёнка, которого воспитывала не мать, а старшая сестра или кормилица. Такая версия объясняет прозвище не через занятие, а через бытовую ситуацию в семье.

Третья версия — самая спорная. Она связывает прозвище с диалектным (пензенским) названием дикой спаржи — какушка. Дикая спаржа издавна росла в степях и лесах, использовалась в народной медицине, её называли «заячьими глазками» или «брюшником». Если принять эту версию, то основатель рода мог быть знахарем, лечившим отварами из этого растения. Однако связь прозвища с названием растения маловероятна: суффикс -уш в слове «какушка» указывает на другой способ образования, и перенос прозвища с растения на человека встречается редко.

Географически фамилия Какуша тяготеет к западным и юго-западным регионам, где литовское и болгарское влияние было ощутимее. Полной ясности с корнем нет, но наиболее правдоподобной остаётся версия о прозвище путешественника или гонца.