Фамилия Калушкин образована от прозвища или нецерковного имени Калушка. Основа здесь — слово «калуга», которое в русских говорах имело несколько значений: топкое болото, трясина, а также вид крупной рыбы (белуги или осетра). Второе значение, скорее всего, переносное — так могли прозвать медлительного, неповоротливого человека, который «вязнет» в делах, или, наоборот, рыбака, промышлявшего калугой. Слово «калуга» в значении «болото» дало название городу Калуге, но фамилия Калушкин к этому топониму прямого отношения не имеет — суффикс -ушк- в основе уменьшительно-ласкательный, а не указывающий на жителя.

Суффикс -ин в фамилии Калушкин указывает на принадлежность: «сын Калушки». Это стандартная модель русских фамилий от прозвищ на -а/-я. Фамилия редкая, её нет в массовых списках распространённых русских фамилий (вроде списка Унбегауна по частотности), что говорит о локальном бытовании. Вероятнее всего, она возникла в северных или центральных областях России, где слово «калуга» в значении «болото» было в ходу — например, в Архангельской, Вологодской или Костромской губерниях. В южных говорах «калуга» чаще означала рыбу, так что там фамилия могла закрепиться за рыбаком.

Встречается вариант написания «Калужкин» — с заменой г на ж, что связано с диалектным произношением (калужка вместо калушка). Но исходная форма — именно Калушкин, от Калушка. Фамилия не дворянская, не купеческая: носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В дореволюционных источниках она не фигурирует в родословных книгах, что подтверждает её простонародное происхождение.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Калугин, Калужанин, Калужский — все они произведены от того же корня, но разными суффиксами. Калугин — самая частая из них, образована напрямую от «калуга» без уменьшительного суффикса. Калушкин — более «ласковая» форма, что может указывать на прозвище, данное в детстве или как уменьшительное обращение. Фамилия сохранилась до наших дней, но встречается редко — по данным современных телефонных справочников, её носители живут в основном в Центральной России и Поволжье.