Фамилия Калушкина — женская форма, а её мужской вариант Калушкин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Калушка. Слово «калуга» в русских говорах означало «топь, болото, трясина»; «калужка» — «лужа, грязь». Соответственно, Калушкой могли прозвать человека, жившего у болотистого места, либо того, кто постоянно ходил грязным, неопрятного. Вторая версия, менее вероятная, — связь с названием рыбы «калуга» (пресноводная белуга), но такое прозвище могли дать крупному или медлительному человеку.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Калушки). Фамилия закрепилась в центральных и северных областях России, где были распространены говоры со словом «калуга». Встречается и фамилия Калугин — от той же основы, но с другим суффиксом, что говорит о параллельном бытовании прозвища в разных формах.

Калушкины не относились к дворянским родам — это фамилия крестьянского или мещанского происхождения, возникшая в среде, где прозвища давали по внешним признакам или месту жительства. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян Калушкиных в Переславль-Залесском и Костромском уездах, что подтверждает географическую привязку к болотистым районам Верхнего Поволжья.