Фамилия Канаушкин нечасто встречается, и её происхождение не лежит на поверхности. Специалисты по ономастике обычно сходятся на двух основных версиях, и обе по-своему убедительны.

Первая версия связывает фамилию с топонимом. Прозвище Канаушка мог получить человек, переселившийся из деревни Канаушка в Красноярском крае. Такие «географические» прозвища были распространены: называли человека по месту, откуда он пришёл. Сама же деревня, вероятно, получила имя от первого поселенца по имени Канаушка. В этом случае корень уходит в чувашский язык, где имя Канаш означает «совет». Русифицированная форма Канаушка — естественное звуковое изменение на русской почве.

Вторая версия — антропонимическая. Она выводит фамилию из цепочки народных преобразований полного церковного имени Никанор. Схема выглядит так: Никанор → Никаноша → Никаша → Кана → Канаша → Канауша → Канаушка. Такое ступенчатое сокращение — типичный путь для русских обиходных форм греческих имён. Имя Никанор переводится как «увидевший победу», а его небесным покровителем считается апостол и диакон Никанор, один из семидесяти апостолов. Память этого святого православная церковь отмечает 10 и 17 января.

Что касается социального статуса, то суффикс -кин указывает на принадлежность: Канаушкин — «чей?» — сын или потомок Канаушки. Такая модель образования фамилий была характерна для простых сословий, прежде всего крестьянства. В среде дворянства или духовенства чаще использовались другие суффиксы. Таким образом, предок носителей фамилии Канаушкин с большой вероятностью был человеком из крестьян или посадских людей, а его прозвище — Канаушка — закрепилось за всем родом.