Фамилия Канаушкин образована от прозвища Канаушка, которое ведет свое начало от топонима Канаушка. Так называется деревня в Красноярском крае. Само название деревни, вероятно, восходит к имени первого поселенца – Канаушка. Это имя является производной русифицированной версией имени Канаш, которое в переводе с чувашского языка означает «совет». По другой версии, фамилия Канаушкин образована от просторечного варианта греческого имени Никанор (Никанор < Никаноша < Никаша < Кана < Канаша < Канауша < Канаушка). Это имя на русский язык переводится как «увидевший победу». Одним из святых покровителей имени Никанор считается апостол и диакон Никанор, совершавший богоугодные деяния вместе со своими соратниками, святыми апостолами и диаконами Прохором, Тимоном и Парменом. Дни памяти этого святого приходятся на 10 и 17 января. Возможно, что основатель рода Канаушкиных был человеком из простого сословия. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Канаушка, со временем получил фамилию Канаушкин.