Фамилия Карнаушкина — яркий пример того, как прозвище, данное по внешнему признаку, со временем стало наследственным родовым именем. В её основе лежит прозвище Карнаушка, которое напрямую связано с диалектным прилагательным «карнаухий». В русских говорах так называли человека с отрезанным, изуродованным или просто отсутствующим ухом. Причина могла быть разной: следствие жестокой драки, наказание (в определённые исторические периоды урезание уха было распространённой мерой), несчастный случай или даже родовая травма.

Однако в народной среде существовал и охранительный, «обережный» обычай: чтобы уберечь ребёнка от злых сил, ему могли дать «плохое» прозвище — например, Карнаушка. Считалось, что злые духи не позарятся на некрасивого с виду младенца, и он вырастет здоровым и крепким. Таким образом, прозвище Карнаушка могло закрепиться за человеком как наиболее употребительное именование, вытеснив крестильное имя, а затем и перейти к его детям.

Словообразовательно фамилия построена по простой и типичной для восточнославянских земель модели: сначала суффикс -к- (Карнауш-к-а), затем притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «чей?» — «сын Карнаушки». Фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, а также для Поволжья. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от существительных мужского рода на твёрдый или мягкий согласный, форма на -ин характерна для основ, оканчивающихся на -а/-я.

Родственная фамилия — Карнаухов — встречается чаще и образована от той же основы, но по другой модели (с суффиксом -ов). Карнаушкина — вариант более редкий, что делает её интересной для локальной генеалогии. Потомок человека по прозвищу Карнаушка со временем получил фамилию Карнаушкина, и сегодня она хранит память о далёком предке — то ли рубаке, потерявшем ухо в сече, то ли о ребёнке, которого назвали так «от сглаза».