Фамилия Карнаушкина образована от прозвища Карнаушка, которое восходит к прилагательному «карнаухий», имеющему значение «человек с отрезанным или изуродованным ухом». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Карнаушком. Так и прозвище Карнаушко закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Карнаушкина. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Карнаушка, со временем получил фамилию Карнаушкина.