Фамилия Карнаушкин образована от прозвища Карнаушко, которое восходит к прилагательному "карнаухий", имеющему значение "человек с отрезанным или изуродованным ухом". В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Карнаушком. Так и прозвище Карнаушко закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Карнаушкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Карнаушко, со временем получил фамилию Карнаушкин.