Фамилия Карнаушко звучит необычно, и это сразу подсказывает путь к разгадке. Её окончание «-ко» — характерная черта украинских и белорусских фамилий, особенно распространённых на левобережье Днепра. В отличие от русских фамилий на «-ов/-ев» (Карнаухов), суффикс «-ко» указывает на уменьшительно-ласкательную форму или на происхождение от прозвища. Перед нами типичная украинская фамилия, образованная от прозвища Карнаух.

Основа «карнаух» имеет два значения, и оба уходят корнями в народную речь. Первое — это человек с короткими, обрубленными или отсутствующими ушами. «Карнаухий» в говорах означало «куцый», «оборванный», «с повреждённым ухом». Второе, более метафорическое, — прозвище человека с плохим слухом, тугого на ухо. В обоих случаях прозвище давалось по внешнему признаку или физическому недостатку, что было обычной практикой в среде крестьян и казаков.

Фамилия Карнаушко — это не застывшая форма, а производная: к основе «Карнаух» добавили уменьшительный суффикс «-к-», а затем родовое окончание «-о». Получается, что исходное прозвище звучало как Карнаух, а его носителя в быту могли называть Карнаушком — «маленьким карнаухим» или «сыном Карнауха». Со временем эта форма закрепилась как фамилия. Такая модель очень продуктивна в украинской ономастике: ср. Голова — Головко, Борода — Бородко.

География фамилии сегодня подтверждает её происхождение. Карнаушко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России (Белгородская, Воронежская, Ростовская области) — там, где исторически селились украинцы. Встречается вариант написания через «о» — Карнаух, но именно форма с «-шк-» указывает на ласкательный оттенок, который мог закрепиться в речи как обращение к младшему или к человеку невысокого роста.

Спорных версий у этой фамилии почти нет. Единственная альтернатива — связь с тюркским словом «карна» (ворон) или «карнак» (чёрный), но она натянута: для тюркского заимствования в украинской среде нет ни фонетических, ни исторических оснований. Прозвище Карнаух — чисто восточнославянское, и его значение прозрачно для носителя языка.