Фамилия Карнаушеко — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не изменилось за века. Это не переосмысленное имя и не забытое ремесло, а прямая характеристика внешности. В основе лежит украинское или южнорусское слово «карнаухий» — тот, у кого рваное, куцое или отсутствующее ухо. «Карнаухим» в диалектах называли человека с повреждённым ухом: от драки, обморожения или болезни. Прозвище могло быть не оскорбительным, а различительным — чтобы выделить человека среди однофамильцев или односельчан.

Суффикс «-еко» (а не «-енко») — южнорусская или белорусская огласовка типичного украинского патронимического суффикса «-енко». В украинской традиции «Карнаух» → «Карнауженко» означало бы «сын Карнауха». Но форма «Карнаушеко» (с «ш» вместо «ж») встречается реже и может указывать на региональный говор, где «ш» заменило «ж» в позиции перед «е». Такое написание характерно для Курской, Воронежской областей или восточных районов Украины, где фамилии на «-еко» фиксировались в документах Российской империи как местный вариант «-енко».

Двойственность в написании — «Карнаушеко» или «Карнаушенко» — подсказывает, что фамилия не проходила через строгую канцелярскую унификацию. Носители могли записываться по-разному в метрических книгах и ревизских сказках, что типично для крестьянских фамилий XIX века. Сословно это почти наверняка крестьянская или казачья фамилия: прозвище по физическому недостатку редко давали дворянам или духовенству, у которых были иные модели образования фамилий.

Интересно, что «карнаухий» — слово не только русское. Оно зафиксировано в польском (karnouchy) и белорусском языках, что расширяет ареал фамилии. В польском контексте фамилия могла возникнуть на землях бывшей Речи Посполитой, где украинское население соседствовало с польским, и прозвище легко переходило из языка в язык. Сегодня Карнаушеко — редкая фамилия, встречающаяся точечно в центральной России и восточной Украине, без выраженного гнезда.