Фамилия Карнаушенко — яркий пример того, как внешний признак или особенность человека становились его прозвищем, а затем и наследственным именем. В основе лежит прозвище Карнаух, которое было широко распространено в старину. Оно образовано от глагола «карнать» (обрезать, обстригать) и существительного «ухо». Карнаухом на Руси называли человека с отрезанным, изуродованным или просто заметно отличающимся ухом. Причина могла быть разной: боевое ранение, наказание (отрезание уха было распространённой карательной мерой), несчастный случай или врождённая особенность.

Фамилия Карнаушенко — украинская по своей словообразовательной модели. Суффикс -енко в украинской ономастике указывает на «малого», «потомка» или «ученика». То есть Карнаушенко — буквально «сын Карнауха» или «маленький Карнаух». Такие фамилии массово закрепились на территории современной Украины в XVI–XVII веках, когда прозвище, данное главе семьи, переходило к его детям и внукам в форме с этим суффиксом.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность к роду (Карнаухов — «из семьи Карнауха»), украинский вариант -енко подчёркивал прямую связь отца и сына. Поэтому фамилия Карнаушенко исторически бытовала в основном на Левобережной и Слободской Украине, а также в южнорусских регионах, граничащих с украинскими землями, — на Кубани, Дону, в Воронежской области.

Прозвище Карнаух фиксируется в исторических документах с XVI века. Например, в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются люди с этим прозвищем среди служилых и посадских людей. Само прозвище могло быть не только обидным, но и нейтральным — в среде казаков, где боевые шрамы и увечья были обычным делом, такое прозвище могло стать уважительным указанием на опытного воина.

Написание фамилии — Карнаушенко — с буквой «ш» вместо ожидаемого «х» (сравните: Карнаух → Карнаушенко) — результат типичного фонетического перехода в украинском языке: звук [х] перед суффиксом смягчается и переходит в [ш]. Это же явление мы видим в фамилиях Волошин (от Волох), Порошенко (от Порох) и других.

Таким образом, фамилия Карнаушенко рассказывает о предке, который получил прозвище по характерной примете — травме или особенности уха. Со временем прозвище вытеснило прежнее имя в повседневном обиходе и официальных документах, а суффикс -енко закрепил его за потомками, превратив в фамилию, которую мы знаем сегодня.