Фамилия Карнаушкины образована по одной из самых распространённых моделей русских фамилий: от прозвища через суффикс принадлежности -ин. Основа — прозвище Карнаушко, а оно, в свою очередь, восходит к прилагательному «карнаухий». В старину так говорили о человеке с отрезанным или изуродованным ухом — следствие либо наказания, либо несчастного случая, либо боевого ранения. Прямое значение прозвища было описательным, но со временем оно могло стать внутрисемейным, охранительным именем. По народному обычаю, чтобы обмануть злых духов и уберечь ребёнка от болезней, родители нарочно давали ему «плохое» прозвище — в расчёте, что настоящая хворь обойдёт «урода» стороной. Так мальчика могли назвать Карнаушком, надеясь, что на деле он вырастет красивым и здоровым.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карнаушкин означает «сын Карнаушка» или «из семьи Карнаушка». Это типичная патронимическая форма, характерная для центральных и северных регионов России. В южных и западнорусских землях чаще встречается параллельная форма Карнаухов — с суффиксом -ов, но именно Карнаушкины закрепились в тех областях, где бытовала «акающая» фонетика и модель на -ин.

Редкость фамилии в том, что её основа не связана с крестильным именем или профессией, а целиком держится на внешнем признаке. Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе «прозвищных», образованных от физических недостатков, — в одном ряду с Безносовыми, Кривошеевыми и Глухими. При этом «карнаухий» — слово с яркой диалектной окраской, оно бытовало в южнорусских и украинских говорах, что сужает ареал возможного возникновения фамилии.

Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Карнаушкины можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований. Но уже сейчас ясно: перед нами не просто памятник славянской культуры, а живое напоминание о народной магии имён, суровых нравах и диалектном разнообразии русской речи.