Фамилия Канаушкин необычна тем, что её основа допускает сразу два разных прочтения — топонимическое и антропонимическое. С одной стороны, прозвище Канаушка могло возникнуть от названия деревни Канаушка в Красноярском крае. В этом случае фамилия указывала на выходца из этой местности: переселенца, который перебрался в другое село или город, прозвали по прежнему месту жительства. Само название деревни, скорее всего, восходит к имени первопоселенца — Канаушка, а оно, в свою очередь, к чувашскому имени Канаш, что значит «совет». Такая связь с тюркским корнем не редкость в русских фамилиях, особенно в Поволжье и Сибири.

С другой стороны, Канаушка могло быть просторечной формой крестильного имени Никанор. Цепочка сокращений здесь длинная: Никанор → Никаноша → Никаша → Канаша → Канауша → Канаушка. Греческое имя Никанор переводится как «увидевший победу», а его небесным покровителем считается апостол и диакон Никанор, один из семи первых диаконов, память которого совершается 10 и 17 января. Такие многоступенчатые уменьшительные формы — характерная черта народной русской ономастики: полное имя в быту сокращали до неузнаваемости, а потом закрепляли в фамилии.

Какая из версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование, но первая — от топонима — выглядит чуть проще и естественнее для фамилий на -ин. Модель «прозвище по месту жительства + -ин» встречается часто (Москвин, Казанцев, Тверитин), и здесь она срабатывает без натяжек. Версия с Никанором требует допустить, что имя сначала сократили до Канаша, потом добавили суффикс -ушк- (Канаушка), что возможно, но менее типично.

Фамилия Канаушкин закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, что указывает на принадлежность к роду человека по прозвищу Канаушка. Основатель рода, судя по всему, был из простого сословия — такие фамилии обычно оформлялись у крестьян и мещан. Точно определить, когда и где именно возникла фамилия, сложно, но её составные части — и топоним, и возможное имя — говорят о том, что корни уходят в Сибирь или в зону контакта с тюркскими народами.