Фамилия Карнаушенков в основе своей имеет прозвище или нецерковное имя Карнаухий. В буквальном смысле так называли человека с изуродованным или отрезанным ухом — отсюда и слово «карнаухий». Однако на Руси подобные именования часто выполняли охранительную роль: считалось, что имя, указывающее на недостаток, отведет от ребенка настоящую беду. Поэтому предок Карнаушенковых мог и не иметь физического изъяна — имя давалось как оберег.

Словообразовательная модель фамилии двойная. Сначала от основы Карнаух- с помощью уменьшительного суффикса -енк- образовалось отчество первой ступени: Карнаушенко (сын Карнаухого). Затем уже от него — отчество второй степени: Карнаушенков, то есть внук Карнаухого. Суффикс -енко отчетливо указывает на украинское или белорусское происхождение фамилии: в великорусских землях предпочли бы форму Карнаухов или Карнаушин.

Фамилия эта — нечастая, и её написание с двумя «н» (Карнаушенков) закрепилось, вероятно, под влиянием фамилий на -енков, типичных для южнорусских и украинских переселенцев. Окончательно установить точное место и время возникновения фамилии можно только по архивным документам конкретной ветви рода, но её языковой облик уверенно относит носителей к потомкам выходцев с территории современной Украины или Белоруссии.