Фамилия Карнаушенков образована от прозвища Карнаухий, которое восходит к аналогичному прилагательному, имеющему значение «человек с отрезанным или изуродованным ухом». В таком случае, прозвище Карнаухий указывало на какие-либо физические недостатки его обладателя. Однако, более вероятной представляется версия, что фамилия Карнаушенков происходит не от прозвища, а от мирского имени Карнаухий, которое выполняло так называемую «охранительную» функцию. Фамилия Карнаушенков представляет собой отчество второго порядка: Карнаушенков — сын Карнаушенко и внук Карнаухого. А суффикс -енко указывает на то, что изначально фамилия Карнаушенков зародилась на территории Украины или Белоруссии. Так и прозвище Карнаухий закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Карнаушенков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Карнаухий, со временем получил фамилию Карнаушенков.