Фамилия Карнаушенков — редкий образец трёхступенчатой модели образования отчества. Она означает «внук Карнаухого»: суффикс -енко (украинский или белорусский) указывает на прямого потомка по мужской линии, а вторая ступень -ов закрепила фамилию уже в русской среде. То есть Карнаушенков — это сын Карнаушенко, который, в свою очередь, был сыном или внуком человека по прозвищу Карнаухий.

Само слово «карнаухий» в южнорусских и украинских говорах значило «с отрезанным, изуродованным или отсутствующим ухом». Такая примета могла быть следствием травмы, наказания или болезни. Однако распространённая в народе «охранительная» традиция давала детям нарочито некрасивые имена — чтобы отвести от них злые силы. Поэтому Карнаухим могли назвать младенца вовсе не из-за физического недостатка, а как оберег: мол, некрасивое имя убережёт от сглаза.

Судя по суффиксу -енко, корни фамилии — на территории современной Украины или юга Белоруссии. Там прозвище Карнаухий было нередким: оно фиксируется в казацких реестрах XVII века и в переписях населения. Позже, при миграции носителей в великорусские губернии, к основе добавили типичный русский суффикс -ов, получив фамилию Карнаушенков — такую форму можно встретить в документах XIX века среди крестьян Воронежской, Курской и Харьковской губерний.

Интересно, что в фамилии сохранился звуковой переход: исходное «Карнаух» через уменьшительную форму «Карнаушка» дало основу «Карнауш-» (с шипящим вместо заднеязычного). Такое чередование — обычное явление в восточнославянской антропонимии, когда прозвище на -ух превращается в фамилию на -ушенко/-ушенков.