Фамилия Карнаушников — яркий пример того, как прозвище, данное за внешность, закрепилось в роду и превратилось в фамилию. В основе лежит диалектное слово «карнаухий» — так в старину называли человека с обрезанным, порванным или просто необычной формы ухом. В русских говорах «карнаухий» означало «корноухий», то есть с укороченным ухом (от «корнать» — обрезать, укорачивать). Прозвище Карнаух или Карнаушка давали тому, кто лишился части уха в драке, по неосторожности или из-за болезни.

Суффикс -ников указывает на принадлежность. Карнаушников — буквально «сын Карнаушника». Сначала прозвище Карнаушник (тот, кто носит характерный признак) перешло к детям, а затем закрепилось как фамилия. Модель образования типична для русского севера и центральных областей: -ник-ов — часто встречается у фамилий, образованных от прозвищ, обозначающих людей по физическому недостатку или занятию. Сравните: Глазников, Зубников, Ушников.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения по всей России. Она сосредоточена в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это наводит на мысль, что прозвище Карнаух было особенно употребимо в среде казачества и крестьянства этих регионов, где поединки и бытовые стычки могли оставить заметный след.

Версия о том, что фамилия связана с тюркским словом «карнай» (музыкальный инструмент), маловероятна: слишком далека семантика, и суффикс -ников плохо сочетается с такой основой. Более правдоподобно, что перед нами чисто русское, бытовое прозвище, отразившее конкретную особенность предка. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Карнаух — например, в переписных книгах Соликамского уезда, что подтверждает уральский след фамилии.