Фамилия Канылина — женская форма, мужской вариант — Канылин. Она образована от прозвища или нецерковного имени Каныла по стандартной модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «сын Канылы» или «род Канылы». Основа фамилии — слово «каныл» или «каныла». В русских говорах это слово многозначно, и от того, в какой местности оно бытовало, зависит, кем мог быть предок.

В центральных и южных областях России «каныла» — это неуклюжий, медлительный человек, увалень. В таком случае прозвище давали тому, кто отличался неповоротливостью или нерасторопностью. Однако в северных и сибирских говорах «каныл» могло означать «кнут» или «плеть». Отсюда прозвище Каныла мог получить пастух, погонщик скота или просто человек, носивший с собой кнут. Встречается и версия, что «каныла» — это диалектное название канавы или оврага, и фамилия могла закрепиться за жителем у оврага.

Фамилия Канылина относительно редкая, её география тяготеет к Волго-Вятскому региону и Приуралью. Встречается в Пермском крае, Кировской области, Удмуртии. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки крестьянского или посадского населения, среди которого были распространены прозвища по внешним или бытовым признакам. Морфологически фамилия проста: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Каны́лина, что типично для отпрозвищных фамилий с суффиксом -ин.