Фамилия Канюшкина — женская форма, а её мужской вариант, Канюшкин, образован по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Канюшкин буквально значит «сын Канюшки» или «человек из рода Канюшки». В центре фамилии лежит прозвище Канюшка.

Слово «каня» в русских говорах — это хищная птица из семейства ястребиных, известная своим жалобным, тягучим криком. Отсюда пошёл и глагол «канючить» — надоедливо, нудно просить. Прозвище Канюшка могли дать человеку с плаксивым голосом, нытику или, наоборот, тому, кто умел выпрашивать своё. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: в некоторых диалектах «канюшка» — это уменьшительное от имени Канонид (церковное имя), однако для простонародной среды такое переосмысление редкость.

Интересно, что фамилия Канюшкин (и её женская форма) встречается в основном в центральных и северных регионах России — в бывших Владимирской, Костромской, Вологодской губерниях. Это косвенно подтверждает птичью версию: ареал обитания канюка совпадает с этими территориями. Кроме того, фамилия не дворянская и не купеческая — она типично крестьянская, что видно по её прозрачной, даже бытовой основе: прозвища по внешним признакам или поведению давали чаще всего в низших сословиях.

В истории русского языка слово «каня» постепенно вытеснялось литературным «канюк», но фамилия сохранила старую форму. Если сравнивать с однокоренными — Каняев, Канюков, — то Канюшкин стоит особняком из-за суффикса -ушк-, который в прозвищах часто нёс оттенок ласкательности или пренебрежения. То есть Канюшка — это не просто «тот, кто похож на канюка», а скорее «канючка», что делает прозвище более выразительным и личным.