Фамилия Канзаферов — один из тех случаев, когда основа слова уводит нас не в славянские земли, а в восточные языки. Скорее всего, в её основе лежит тюркское или арабское имя Канзафер. Если разобрать его по составляющим, то «кан» в тюркских языках может означать «кровь» или «хан» (властитель), а «зафер» (или «зафар») с арабского переводится как «победа». Вместе это могло звучать как «победоносный хан» или «кровавая победа» — имя-пожелание, которое должно было принести мальчику воинскую удачу. Встречается также форма Канзафар, что подтверждает восточное происхождение.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность. Канзаферов буквально означает «сын Канзафера» или «из рода Канзафера». Суффикс -ов, а не, скажем, -ин, говорит о том, что основа имени заканчивалась на согласный, что и произошло при адаптации тюркского имени на русской почве.

Географически фамилия редкая, но её корни логично искать в регионах, где русское население долго и плотно контактировало с тюркскими народами: в Поволжье, на Урале, в Приуралье или в южных степях. Предок-носитель фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского этноса, который перешёл в православие и получил фамилию по имени отца. Второй возможный, но менее вероятный путь — фамилия могла закрепиться за служилым человеком, который получил прозвище Канзафер за службу в южных или восточных крепостях.

В русских документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания людей с именем Канзафер, но массового распространения фамилия не получила. Это делает её ценной для локальной истории: по ней можно попытаться проследить миграцию небольшой группы людей или даже одной семьи из тюркской среды в русскую.