Фамилия Канзафарова образована от мужского личного имени Канзафар. Это составное имя тюркского происхождения, распространенное у башкир, татар и других народов Поволжья и Урала. Первая часть «кан» восходит к тюркскому «кан» — «кровь», но в именах часто используется в значении «хан, правитель» (как элемент «хан»). Вторая часть «зафар» — арабское заимствование, означающее «победа», «успех». Таким образом, имя Канзафар можно перевести как «хан победы» или «победоносный правитель». Это имя давали с пожеланием мальчику стать удачливым и властным человеком.

Фамилия Канзафарова — женская форма от Канзафаров. Она образована с помощью стандартного для русского языка суффикса принадлежности -ов (в мужском варианте) и окончания -а (в женском). Это типичная модель для фамилий, возникших в среде крещеных татар и башкир, а также в районах активного русско-тюркского культурного пограничья. Суффикс -ов/-ев указывает на то, что основатель рода носил имя Канзафар, и фамилия буквально означает «принадлежащая Канзафару», то есть «из семьи Канзафара».

Географически фамилия Канзафарова наиболее характерна для Башкортостана, Татарстана, Оренбургской и Челябинской областей. Встречается она и среди казанских татар, и среди мишарей. В дореволюционной России носители этой фамилии чаще всего относились к крестьянскому или мещанскому сословию, реже — к купеческому. О дворянском происхождении Канзафаровых сведений нет.

Однокоренных фамилий немного, но они показательны: Канзафаров (мужская форма), а также возможные варианты Канзафаровский (встречается реже, с польским или украинским оттенком). Само имя Канзафар в наши дни почти не дается новорожденным, но фамилия сохранила его в памяти как свидетельство старинной тюркской антропонимии с арабскими элементами.