Фамилия Конзафарова — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение напрямую указывает на тюркские или арабо-персидские корни. Основа фамилии — мужское имя Конзафар (или Канзафар), которое представляет собой сложение двух компонентов. Первая часть восходит к тюркскому «кан» (кровь, родня) или «хан» (правитель, владыка), вторая — к арабскому «зафар» (победа, торжество). В сумме имя могло означать «хан победы» или «кровь победителя» — то есть прозвище, данное воину или предводителю. В тюркской антропонимике такие составные имена с пожеланием воинской доблести были распространены.

Модель образования фамилии — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов- (-ова). Это самый распространённый способ русификации нерусских имён: к основе Конзафар добавляли русский суффикс, показывающий принадлежность («чей?» — Конзафаров сын, дочь). Фамилия закрепилась в женской форме Конзафарова, что типично для фиксации в документах по мужской линии: если предка звали Конзафар, его потомки стали Конзафаровыми.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным татарским или башкирским влиянием — Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье. Встречается она редко, что делает её маркером конкретного родового гнезда, а не массового прозвища. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла записываться по-разному: через «а» (Канзафарова) или с удвоенной буквой, в зависимости от местного произношения и грамотности писаря.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии скорее всего происходили из служилых татар, казаков или крестьян-тептярей — сословий, где сохранялись тюркские имена даже после крещения. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется, что указывает на её непривилегированное, но устойчивое бытование в среде простого народа.