Фамилия Капченина образована по модели, типичной для русского севера и ряда центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность к роду по отцу или матери. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Капченя, а корень, скорее всего, связан со словом «капчить» или «коптить» — то есть обрабатывать дымом, коптить рыбу, мясо, сало. В северных говорах, особенно в Архангельской, Вологодской и Пермской губерниях, «капчить» означало именно коптить, а «капченый» — продукт, приготовленный таким способом. Таким образом, Капченей могли прозвать человека, который занимался копчением рыбы или мяса, торговал копченостями, либо того, кто сам был смугл, «закопчен» от постоянной работы у очага.

Менее вероятна, но допустима связь с диалектным глаголом «капчать» — медленно, вяло делать что-то, канителиться. В этом случае прозвище Капченя могло закрепиться за нерасторопным или ленивым человеком, но такая версия уступает первой по распространённости: фамилии, образованные от названий ремесел, встречаются в русской ономастике в разы чаще.

Особенность фамилии — ударение. В большинстве говоров оно падает на второй слог: Капче́нина. Если ударение на первый слог (Ка́пченина), это может указывать на местный вариант произношения или на то, что корень воспринимался как «капча» — возможно, от слова «кап» (капюшон, накидка) с суффиксом -ч-. Однако это уже редкая гипотеза, почти не подтвержденная архивными записями.

Встречается фамилия преимущественно на северо-востоке европейской части России и в Сибири, куда переселялись поморы и жители северных уездов. В дореволюционных метрических книгах Капченины фиксируются в основном в среде государственных крестьян и мещан, реже — у купцов, занимавшихся рыбным промыслом. Дворянских родов с такой фамилией не известно — суффикс -ин в сочетании с прозвищной основой характерен для крестьянской и посадской среды.

Единственное, что можно сказать уверенно: предок носителя этой фамилии жил в местах, где копчение было привычным способом заготовки продуктов, и, скорее всего, сам этим кормился. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что для массовой русской фамилии совершенно обычно.