Фамилия Капченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и белорусской традиции указывал на потомка или принадлежность к роду: «чей?» — Капченко, то есть сын или человек Капчия. В основе лежит прозвище Капчий, и здесь есть несколько возможных объяснений.

Первая версия отсылает к ремеслу. Слово «капаче» в южнорусских и украинских говорах означало набойку — деревянную или металлическую часть обуви, а также подкову. Человек, работавший с набойками, то есть сапожник или мастер по обуви, мог получить прозвище Капчий. Его сыновья и стали Капченко.

Вторая версия ведёт к белорусскому «капач» — лопата. Тогда прозвище Капчий давали крестьянину, земледельцу, который много и усердно работал в поле. В этом случае фамилия подчёркивает не профессию, а род занятий и характер: трудолюбивый человек, «лопатник».

Обе гипотезы не противоречат друг другу. Важно, что прозвище Капчий, независимо от исходного значения, со временем закрепилось в документах и перешло в наследственную фамилию. Суффикс -енко указывает на преимущественно украинское или белорусское происхождение рода, где такие фамилии стали массово фиксироваться в XVI–XVII веках. Географически фамилия Капченко встречается в основном на территории современной Украины, в южных областях России и в Беларуси, что подтверждает её связь с местными говорами и ремёслами.