Фамилия Капишникова образована от прозвища Капишник. По одной из версий, это прозвище получил человек, посещавший капище, то есть языческий храм или место отправления каких-либо дохристианских культов. Возможно, прозвище Капишник восходит к украинскому слову «капцi» - «опорки, легкие домашние туфли». Исходя из этого, можно предположить, что прозвище Капишник получил обувщик. Согласно еще одной гипотезе, в основе этой фамилии лежит белорусское слово «капец» - «межевой знак, земляная насыпь». В этом случае Капишником могли называть человека, занимавшегося межеванием участков, землемера. Кроме того, не исключено, что фамилия Капишников является фонетическим вариантом фамилии Копешников, которая ведет свое начало от прозвища Копешник. В посковских и тверских говорах копешником называли человека, любившего спать под копной. Следовательно, это прозвище отражает привычки или особенности образа жизни предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Капишник, со временем получил фамилию Капишникова.