Фамилия Капишникова — женская форма фамилии Капишников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Капишник. Единого мнения о том, что легло в его основу, нет, но можно выделить несколько правдоподобных версий, и разбираться в них стоит не по порядку, а по логике словообразования и географии.

Самая прямая версия связывает прозвище с «капищем» — языческим храмом или местом отправления дохристианских культов. Капишником могли назвать человека, который часто посещал такое место, возможно, жреца или просто ревностного язычника. Эта гипотеза опирается на древний и широко известный корень, хотя в русских говорах слово «капище» редко становилось основой для прозвища — чаще оно бытовало в книжной речи.

Более бытовая версия отсылает к украинскому слову «капці» — так называют лёгкие домашние туфли, опорки. В этом случае Капишник — это обувщик, мастер, который шил или чинил такую обувь. Эта гипотеза привлекательна тем, что прозвища по ремеслу — один из самых массовых источников русских фамилий, и здесь мы видим характерный суффикс -ник, указывающий на профессию.

Третья версия ведёт к белорусскому слову «капец» — межевой знак, земляная насыпь. Если так, то Капишник — это землемер, человек, занимавшийся межеванием участков. Это тоже ремесленная гипотеза, но она менее распространена, так как слово «капец» в этом значении довольно узко локально.

Наконец, не исключено, что фамилия Капишников — фонетический вариант фамилии Копешников. В псковских и тверских говорах копешником называли любителя спать под копной. Переход «о» в «а» (аканье) в устной речи мог закрепиться и в написании. Эта версия объясняет фамилию не через занятие, а через привычку или особенность образа жизни предка, что тоже типично для русских прозвищ.

Какую из этих версий считать основной — вопрос открытый. Но если судить по распространённости фамилии и типичным моделям, наиболее вероятно происхождение от названия ремесла (обувщик или землемер). Версия с языческим капищем, хоть и самая яркая, менее убедительна с точки зрения бытовой ономастики. В любом случае, потомки человека по прозвищу Капишник со временем получили фамилию Капишниковы, а её женская форма — Капишникова — закрепилась за женщинами этого рода.