Фамилия Капишниковы (мужской вариант — Капишников) образована от личного прозвища Капишник. Словообразовательная модель типична для русских фамилий: к основе прозвища добавили патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Капишника»). Это одна из самых распространённых моделей в центральной России и Поволжье.

Что означало само прозвище — вопрос неоднозначный, и здесь есть несколько версий, причём все они опираются на разные славянские языки и реалии.

Первая версия связывает прозвище со словом «капище» — языческий храм или место отправления дохристианских культов. В древнерусском языке «капище» означало идола, кумирню. Капишником могли назвать человека, который имел отношение к такому месту: либо жреца, либо того, кто жил рядом с капищем, либо — уже в ироничном ключе — упрямого или «дикого» человека, которого в народе сравнивали с язычником. Эта версия самая яркая, но и самая спорная: прозвища от «капища» встречаются редко, и в письменных источниках они почти не прослеживаются.

Вторая версия — бытовая и более правдоподобная с точки зрения частотности. Она выводит прозвище из украинского слова «капці» (опорки, лёгкие домашние туфли). В украинских говорах «капцi» — это старая стоптанная обувь. Капишником могли прозвать сапожника, башмачника или просто человека, который ходил в стоптанных туфлях. Подобные прозвища по роду занятий (Швецов, Кожемяка, Сапожников) — одни из самых частых в русской ономастике, и эта версия выглядит надёжнее, чем языческая.

Третья версия отсылает к белорусскому слову «капец» — межевой знак, земляная насыпь. В этом случае Капишник — землемер или человек, который ставил межевые столбы. Версия возможна, но менее распространена: в белорусских фамилиях чаще встречаются основы «межа», «граница».

Какая из версий верна для конкретной семьи — без генеалогического исследования сказать нельзя. Фамилия Капишников не входит в число очень частых, но встречается в разных регионах, что говорит о возможном независимом возникновении в разных местах. О точном времени появления фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий занял несколько столетий, и Капишниковы могли появиться как в XVII, так и в XIX веке.