Фамилия Капитунова — женская форма фамилии Капитунов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В отличие от распространённых фамилий на -ов от крестильных имён (Иванов, Петров), здесь основа не каноническая, а скорее прозвищная или профессиональная.

Самый вероятный источник — слово «капитул» или «капитуляция». В русском языке «капитул» означал собрание духовных лиц при кафедральном соборе, а также устав или главу в договоре. Однако бытовое прозвище «Капитун» могло возникнуть и от глагольной формы «капитулировать» — так в народе могли прозвать человека, который часто сдавался, отступал или был покладистым. Вторая версия: прозвище связано с латинским «caput» (голова) и указывало на человека с большой головой или, в переносном смысле, на главуря, начальника.

Суффикс -ун- в основе (Капит-ун) типичен для русских прозвищ, обозначающих лицо по характерному действию или свойству (говорун, молчун, бегун). То есть Капитун — это «тот, кто капитулирует» или, реже, «тот, кто имеет отношение к капитулу». Фамилия Капитунов/Капитунова могла закрепиться в среде духовенства или среди крестьян, получивших прозвище за манеру поведения.

Встречается фамилия преимущественно в центральной России и Поволжье, что подтверждается архивными записями XIX века. Важно отметить: в отличие от фамилий на -ский (Капитульский), форма на -ов указывает на более простое, недворянское происхождение — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами. Спорные версии о связи с латинским «capitaneus» (капитан) маловероятны: для этого существовала бы фамилия Капитанов с другим суффиксом.