Фамилия Капитунов, вероятнее всего, образована от имени Капитун, которое является фонетическим вариантом имени Капитон. Оно происходит от латинского слова capitonis – «большеголовый». Покровителями этого имени считаются священномученик Капитон, епископ Херсонесский, поминаемый 20 марта, мученик Капитон, дни памяти которого приходятся на 6 и 25 августа. Таким образом, потомок человека, которого звали Капитун, со временем получил фамилию Капитунов. Так, в Книге памяти Самарской области упоминается Иван Гаврилович Капитунов, родившийся в 1898 году в селе Новый Буян. В Книге памяти Хабаровского края содержится информация о Иване Михайловиче Капитунове, родившемся в 1891 году в ст.Камено-Озерная Оренбургской области.