Фамилия Капитунов происходит от имени Капитун — народной, разговорной формы крестильного имени Капитон. Латинское слово capito, capitonis означает «большеголовый». Так что в основе фамилии лежит прозвищное по происхождению имя, данное по внешнему признаку.

Покровителей у имени несколько: священномученик Капитон, епископ Херсонесский (память 20 марта), и мученик Капитон, дни памяти которого приходятся на 6 и 25 августа. Суффикс -ов в фамилии стандартный: он указывает на принадлежность — буквально «сын Капитуна», «из рода Капитуна».

Фамилия не слишком редкая, но и не массовая. Встречается в разных регионах, что подтверждают записи из Книг памяти. Например, Иван Гаврилович Капитунов родился в 1898 году в селе Новый Буян Самарской области. Другой носитель, Иван Михайлович Капитунов, 1891 года рождения, значится в Книге памяти Хабаровского края, а местом его рождения указана станица Каменно-Озерная Оренбургской области. Оба упоминания относятся к XX веку, но показывают, что фамилия бытовала и в Поволжье, и на южном Урале, откуда люди позже переселялись на Дальний Восток.

Интересная деталь: форма Капитун вместо Капитон — это не ошибка, а типичное для русских говоров явление, когда безударное -о- переходит в -у- или когда имя адаптируется под более привычное звучание. Встречаются и однокоренные фамилии: Капитонов, Капитулин, Капитохин — все они восходят к тому же источнику, но Капитунов стоит особняком именно благодаря этой фонетической особенности.