Фамилия Капитин — редкий случай, когда за основу взяли не каноническое имя, а его народную, бытовую форму. В церковном обиходе имя звучало как Капитон (от латинского capito — «большеголовый»), но в просторечии его часто сокращали до Капитя или Капита. От этой уменьшительной формы и пошла фамилия: суффикс -ин указывает на принадлежность — «сын Капити» или «человек из семьи Капита».

Интересно, что фамилия могла возникнуть и без прямого крестильного имени. В русских говорах слово «капит» иногда означало упрямого, своенравного человека — того, кто «капится», то есть капризничает или ломается. В этом случае прозвище Капитя давали не по имени, а по характеру, и оно закрепилось за родом уже как фамилия. Обе версии правдоподобны, но первая — с именем — встречается чаще: она объясняет и наличие суффикса, и то, что фамилия не слишком распространена.

С географией у Капитиных всё скромно. Если судить по архивным записям XIX века, фамилия встречалась в основном в центральных губерниях России — Тверской, Ярославской, Костромской. Это регионы, где имя Капитон знали, но не повсеместно, поэтому и носителей фамилии было немного. В южных и восточных областях она почти не попадается.

Сравните с однокоренными фамилиями: Капитонов — самая частая, образована от полной формы имени; Капитин — более редкая и личная, от домашнего варианта. Есть ещё Капиткин, но там суффикс -к- добавляет пренебрежительный оттенок. Капитин же звучит нейтрально и по модели напоминает фамилии вроде Митин (от Митя) или Сенин (от Сеня) — то есть образована от короткого имени без дополнительных уменьшительных суффиксов.

Так что если вы носите фамилию Капитин, скорее всего, ваш предок был просто Капитей — сыном или внуком человека, которого в быту звали не полным именем, а коротко и по-свойски.