Фамилия Кафитин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить типовой суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Кафитин, то есть сын или потомок Кафиты. Вся сложность и интерес скрыты в основе Кафит-.

Самый вероятный путь — это прозвище Кафита, образованное от диалектного слова кафить. В некоторых южнорусских и украинских говорах «кафить» означало «говорить невнятно, бормотать, картавить» или, в ином значении, «капризничать, привередничать». Соответственно, Кафитой могли прозвать неразборчиво говорящего человека или же того, кто отличался прихотливым нравом. Суффикс -ит(а) в прозвищах встречается нечасто, но он характерен для украинской и белорусской традиции (сравните с фамилиями Кривопуска, Гулида). Поэтому географически фамилия Кафитин, скорее всего, уходит корнями в западные или южные земли России, а также в современную Украину и Беларусь.

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с тюркским именем или прозвищем. В тюркских языках есть корень kaf или kab, который может означать «мешок, сосуд» или «принимать, вмещать». Однако убедительных параллелей для формы «Кафит» в тюркской ономастике нет, и эта гипотеза остаётся гипотетической.

В дореволюционных справочниках фамилия не зафиксирована среди дворянских родов, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Носители фамилии Кафитин, скорее всего, были выходцами из среды сельских или посадских людей, а их предок получил прозвище по заметной речевой особенности или черте характера. Встречаемость фамилии сегодня крайне низкая, что делает её ценной для генеалогического поиска — практически каждый носитель так или иначе связан с одной небольшой родовой ветвью.