Фамилия Капитун — не самая распространённая, но с чёткой и прозрачной историей. В её основе лежит редкое для русских фамилий, но хорошо известное в церковной среде слово — капитул. Капитулом в католической и, реже, в православной традиции называли собрание духовенства при епископе или коллегию каноников. Однако в бытовой русской речи XVIII–XIX веков это слово приобрело ироничный или пренебрежительный оттенок: «капитуном» могли назвать человека, который любит собирать сходки, вести долгие совещания или, напротив, того, кто постоянно «капитулирует» — уступает, сдаётся без боя. Вторая версия, более прямая, связывает фамилию с глаголом «капитулировать», но здесь важно уточнить: слово «капитуляция» вошло в русский язык поздно, в петровскую эпоху, и как прозвище могло закрепиться за военным, который попал в плен или сдал крепость. В любом случае, прозвище Капитун давали не случайно — оно либо указывало на склонность к переговорам и собраниям, либо на нерешительный, уступчивый характер.

Суффикс -ун в русских прозвищах и фамилиях типичен для характеристики человека по действию или свойству: говорун, крикун, бегун. Капитун — «тот, кто капитулирует» или «тот, кто заседает в капитуле». Форма мужского рода на -ун редко становилась основой для стандартной русской фамилии на -ов или -ин. Обычно такие прозвища так и оставались в документах без изменений: крестьянин Иван Капитун, мещанин Петр Капитун. Поэтому фамилия Капитун — это, скорее всего, застывшее прозвище, которое не стали русифицировать суффиксами. Это же объясняет её географию: чаще всего она встречается на юге России и в Малороссии, где украинская традиция оставляла прозвища в исходной форме.

Встречается и более редкая версия: от имени Капитон (греческое «капитон» — упрямый, крепкий). В народном произношении имя Капитон иногда теряло конечный слог, превращаясь в Капитун. Однако это маловероятно, потому что имя Капитон было церковным и редко искажалось до неузнаваемости. К тому же, если бы фамилия произошла от имени, она скорее приняла бы форму Капитонов или Капитоненко. Вывод: Капитун — это прозвище, а не вариант крестильного имени.

Документальных следов фамилии немного, но в ревизских сказках и исповедных росписях XIX века по Курской и Харьковской губерниям встречаются крестьяне и однодворцы с фамилией Капитун. Однодворцы — потомки служилых людей, которые несли сторожевую службу на южных границах. Возможно, прозвище Капитун в этой среде закрепилось за человеком, который вёл переговоры с татарами или был парламентёром. Но это лишь догадка. Ясно одно: фамилия редкая, и её носители в большинстве своём происходят из крестьянского или военно-служилого сословия чернозёмной полосы.