Фамилия Капичун — редкая и нестандартная для русского уха. В ней нет типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её позднее происхождение или нерусскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия, закреплённая в письменном виде из прозвища или иноязычного слова без последующей русификации.

Самая вероятная версия связывает фамилию с украинским или южнорусским диалектным словом «капичун» — так в некоторых регионах называли капюшон, башлык или головной убор с острым концом. Слово это, в свою очередь, восходит к тюркским языкам (ср. турецкое «kepçe» — ковш, черпак, но в переносном смысле — накидка). Прозвище Капичун могли дать человеку, который постоянно носил такой головной убор, шил их или торговал ими. В украинской ономастике фамилии на -ун (Крикун, Скакун, Стригун) обозначают деятеля по характерному действию, и Капичун органично вписывается в этот ряд.

Вторая, менее вероятная гипотеза — происхождение от румынского или молдавского «căpățână» (голова, башка) с тем же значением «головастый», «большеголовый». Но фонетически «капичун» ближе к «capuchon» (французский капюшон), что могло попасть в обиход через польское посредничество в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия встречается в основном на западе Украины (Волынь, Подолье) и в приграничных областях Беларуси. В России она единична. Сословного барьера у неё не было: прозвище Капичун мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак. Важно, что фамилия не меняла окончания при склонении: в документах писали «Капичун», «Капичуну», «Капичуном» — как иноязычное заимствование, не адаптированное к русской грамматике.

Примечательная деталь: в некоторых метрических книгах XIX века встречается написание «Копичун» — с буквой «о» в первом слоге. Это не ошибка, а отражение акающего произношения в южнорусских говорах, где безударное «о» звучит как «а». Но в официальных записях закрепился именно вариант «Капичун», что и делает фамилию уникальной.