Фамилия Капкеев — редкий пример русской фамилии, образованной не от славянского, а от тюркского прозвища или имени. Её основа — личное имя Капкей или прозвище Капкей, которое бытовало у татар, башкир или казахов. В тюркских языках слово «кап» означает «мешок», «сума», «сосуд», а аффикс -кей может указывать на уменьшительную или ласкательную форму. Таким образом, Капкей — это «маленький мешочек», «сумочка». Прозвище могли дать человеку невысокого роста, плотного телосложения или тому, кто носил с собой характерную сумку, торбу — например, торговцу или страннику.

Русский суффикс -ев указывает на принадлежность: Капкеев — сын Капкея. По модели образования фамилия аналогична многим другим, возникшим на стыке культур: Ахметев, Батырев, Мурзаев. Носители фамилии Капкеев, скорее всего, происходят из среды крещёных татар или башкир, осевших в русских губерниях, либо из казачьих родов, где активно смешивались славянские и тюркские элементы. Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Уралу и Оренбуржью — регионам многовекового русско-тюркского соседства.

В отличие от фамилий, образованных от чисто русских прозвищ, Капкеев сохраняет в своей основе слово, которое не имеет прямого аналога в славянских языках. Это делает её ценным маркером для изучения межэтнических контактов: по ней можно проследить, как тюркское личное имя превратилось в русскую фамилию, не утратив своего звучания. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер — она не получила широкого распространения за пределами своего региона.

С точки зрения словообразования, интересна и сама модель: фамилия на -ев, но основа не на твёрдый согласный (как в Иванов), а на мягкий (Капкей → Капкеев). Такое окончание характерно для фамилий от имён на -ей, -ай: Алексеев, Андреев, Тимофеев. Капкеев встаёт в этот же ряд, но с иной, нехристианской основой.