Фамилия Каплонская с суффиксом -ск- указывает на её польское или украинское происхождение, а окончание -ая — на женскую форму (мужской вариант — Каплонский). Такие фамилии обычно образовывались от географических названий — скорее всего, от населённого пункта Каплоны или Каплонь. На картах Польши, Беларуси и Украины встречаются несколько деревень с похожими корнями, например Каплоны в Подляском воеводстве или Каплонь в бывшей Гродненской губернии. Предок, получивший эту фамилию, мог быть либо владельцем такого места (шляхтич, имевший титул «с Каплон»), либо простым выходцем оттуда, которого записали по месту жительства.

Корень «капл-» в славянских языках чаще всего связан со словом «капля» (польское «kapka»). В некоторых говорах «каплой» могли называть что-то маленькое, каплевидное, либо человека с капризным или плаксивым характером — отсюда могло пойти прозвище Каплон. Однако более вероятна топонимическая версия: суффикс -ск- в фамилиях простых людей в XIX веке встречался редко и чаще был признаком дворянского или шляхетского рода, особенно в бывшей Речи Посполитой. Поэтому Каплонские — это, скорее всего, обедневшая шляхта или крестьяне, получившие фамилию по месту приписки.

В русском языке фамилия сохранила польское написание с «о» во втором слоге, хотя в некоторых документах встречается вариант Каплинская — это упрощение под влиянием русской фамилии Каплин (от «капля»). Но Каплонская стоит особняком: её форма не позволяет спутать со случайным созвучием. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается в основном на территории современной Западной Украины и Беларуси, а после 1917 года расселилась по СССР вместе с миграциями.

Коротко: Каплонская — фамилия с польско-украинскими корнями, образованная от названия деревни или прозвища «Каплон». Её носители — потомки жителей западных земель, вероятно, шляхетского происхождения, но невысокого сословия.