Фамилия Капошкина — женская форма, в мужском варианте звучащая как Капошкин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Капошка. В русской ономастике это слово почти наверняка связано с уменьшительно-ласкательной формой от «капор» — старинного женского головного убора, похожего на чепец с завязками под подбородком. Прозвище Капошка могли дать человеку, который постоянно носил такой головной убор, шил их или торговал ими. В северных и центральных губерниях России, где капор был распространён, такое прозвище не выглядит случайным.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Капошки). Это говорит о том, что фамилия закрепилась в крестьянской или мещанской среде, где патронимические прозвища переходили в фамилии в XVI–XVII веках. Встречается и более редкая версия: Капошка могло быть производным от глагола «капать» или «капнуть» — тогда прозвище относилось к нерасторопному, медлительному человеку, который «капает» (действует по капле). Но эта гипотеза слабее, так как для такого значения были более употребительные формы вроде Капля или Капелька.

Фамилия редкая, географически не имеет ярко выраженного ареала. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Капошкины встречаются разрозненно — в основном в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях, что косвенно подтверждает связь с северорусским бытом, где капор был частью традиционного костюма. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных имён, Капошкин — типичный пример прозвищной фамилии, где исходное слово почти вышло из обихода, но оставило след в родовом имени.