Фамилия Капсаргин — редкая, и её происхождение стоит искать не в книжных списках дворянских родов, а в живой народной речи. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или мирское имя Капсарга, которое могло означать человека с определённой внешностью или характером.

Слово «капсарга» (или «капсарь») в русских говорах, особенно на севере и в Сибири, имело несколько значений, и все они нелестные. В архангельских и вятских диалектах так называли неряху, неопрятного человека, а также того, кто постоянно суетится и мельтешит без толку. В некоторых местах «капсаргой» дразнили капризного, плаксивого ребёнка. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за неаккуратность или суетливый нрав.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе Капсарг- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Капсаргин сын, внук Капсарги). Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я, что полностью совпадает с исходным прозвищем Капсарга.

С географической точки зрения, фамилия Капсаргин имеет чёткую «прописку» на Русском Севере. Она встречается в Вологодской и Архангельской областях, а также в Кировской области (бывшей Вятской губернии). Это подтверждает диалектную природу корня: именно в этих краях слово «капсарга» было в ходу. Встречаются единичные носители и в центральных регионах, но это, скорее всего, результат миграций XX века.

Редкость фамилии и её «простонародное» звучание говорят о том, что предки Капсаргиных были крестьянами или посадскими людьми. Среди духовенства или дворянства такая фамилия не встречается — слишком уж она бытовая, «уличная», без книжного налёта. Никаких мифических «капсарей» из латыни или греческого здесь нет: корень чисто русский, диалектный, и это главная ценность фамилии — она сохранила живое слово, которое почти исчезло из языка.