Фамилия Капшунова — женская форма мужской фамилии Капшунов. Её основа — прозвище или неканоническое имя Капшун. Слово это редкое и тёмное, но у него есть две основные версии происхождения, и обе ведут в южные и западные регионы России.

Наиболее вероятная версия связывает Капшуна с диалектным словом «капшун» или «копшун». В курских, орловских и воронежских говорах так называли коршуна. Произносили слово с «а» в начале — «капшун», «капшук», «капшунок». Прозвище Капшун могли дать человеку хищному, зоркому или, наоборот, тому, кто напоминал коршуна внешне — например, носом с горбинкой. Фамилии от названий птиц в крестьянской среде обычны: Соколов, Ястребов, Воробьёв — и Капшунов стоит в этом же ряду, только исходное слово менее распространено.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, — связь с украинским или белорусским «капшун» (капшук), что означает «кисет» или «мешочек для табака». Прозвище Капшун мог получить курильщик, торговец табаком или просто человек, носивший с собой заметный кисет. Эта версия объясняет фамилию через ремесло или бытовую привычку, но в словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) предпочтение отдаётся «птичьему» корню.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Первоначально Капшунов — это «сын Капшуна» или «из рода Капшуна». Географически фамилия тяготеет к Черноземью: Курская, Белгородская, Воронежская области. Встречается и на Кубани, куда переселялись крестьяне из центральных губерний. Сословно предки Капшуновых, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — так называли служилых людей, охранявших южные рубежи.

Написание с буквой «а» в первом слоге (Капшунов, а не Копшунов) закрепилось под влиянием акающих говоров. В документах XVIII–XIX веков можно найти варианты Копшунов, Капшунов и даже Копшонов — это нормально для того времени, когда фамилии ещё не были строго стандартизированы.