Фамилия Капшуна — редкая и интересная с точки зрения словообразования. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на -ов, -ев, -ин или -ский. Финали -а в мужском роде (Капшуна, а не Капшунов) указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии на -а часто закреплялись в именительном падеже, тогда как в великорусской традиции они бы превратились в притяжательные прилагательные.

Основа фамилии — «капшун». Это слово имеет два основных объяснения. Первое и самое прямое: в южнорусских и украинских говорах «капшун» или «капшук» — это кисет, мешочек для табака или денег. Прозвище Капшун могли дать либо запасливому, либо, наоборот, прижимистому человеку, который «всё в капшун прячет». Второе значение связано с глаголом «капшунить» — воровать, тайком уносить. Соответственно, прозвище могло закрепиться за мелким воришкой или хитрецом.

С точки зрения социальной истории, фамилии такого типа (прозвищные, без патронимического суффикса) обычно принадлежали не крепостным крестьянам, а вольным людям — казакам, мещанам, однодворцам. Географически фамилия тяготеет к территории современных Черниговской, Полтавской и Сумской областей Украины, а также к прилегающим районам России (Белгородчина, Курщина). Именно там «капшун» как слово бытовало в живой речи.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Фамилия Капшунов (с русским суффиксом) встречается гораздо чаще и шире — она «обрусела» при переписях. Капшуна же сохранила исходную украинскую форму. Встречается также вариант Капшук, где суффикс -ук типичен для западноукраинских и белорусских земель. Таким образом, фамилия Капшуна — это не искажение, а архаичная запись прозвища, почти без изменений дошедшая до нас из речи XVII–XVIII веков.