Фамилия Капшин образована от прозвища или имени Капша. В её основе лежит суффикс -ин, один из самых распространённых в русской антропонимии: он указывает на принадлежность — «чей?» — и в прямом значении отвечает на вопрос «сын Капши». Такая модель типична для северных и центральных областей России.

Что скрывается за словом «Капша»? Вероятнее всего, это диалектное или обиходное прозвище. В русских говорах «капша» означала «каша» — в некоторых регионах так называли жидкую кашу или похлёбку. Прозвище могли дать человеку, который любил каши, варил их, а возможно, и сам был мягкотелым или медлительным — по ассоциации с разваренным блюдом. Менее распространённая версия связывает Капшу с древним нецерковным именем Капша, которое могло быть сокращением от имени Капитон или от финно-угорских корней — в таком случае фамилия может иметь прибалтийско-финские или карельские следы.

Географически фамилия Капшин встречается в основном на севере европейской части России: в Архангельской, Вологодской областях, а также в Карелии. Это косвенно подтверждает версию о диалектном или финно-угорском происхождении. В этих краях прозвища, связанные с едой и бытом, были особенно распространены среди крестьянства.

С точки зрения словообразования фамилия проста: основа Капш- плюс суффикс -ин. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ка́пшин. Родственные фамилии — Капшев, Капшинов — встречаются реже, но построены по той же модели от той же основы.

Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии за пределами указанных регионов нет. Капшины — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей Русского Севера, чьё прозвище закрепилось в документах XVII–XVIII веков.