Фамилия Каптаков — одна из тех русских фамилий, которые ведут начало от тюркского прозвища. По той же модели образованы известные фамилии: Тургенев — от прозвища Турген («быстрый, скорый»), Аксаков — от Аксак («хромой»), Булгаков — от Булгак («беспокойный»). В основе фамилии Каптаков лежит тюркское слово «каптак» (или «каптақ»), которое в разных диалектах могло означать «схваченный», «пойманный» или «захваченный в плен». Такое прозвище давали человеку, который попал в плен или был взят в плен во время набегов, либо же тому, кто отличался хваткой, цепкостью — в переносном смысле «хваткий, ловкий».

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Каптаков — это «сын Каптака» или «из рода Каптака». Фамилия закрепилась в среде служилых татар и башкир, которые после присоединения Поволжья и Приуралья к Русскому государству переходили на русскую службу и получали земельные наделы. Со временем их потомки обрусели, а фамилия сохранила тюркский корень.

Встречается фамилия в основном в Оренбургской, Челябинской областях и в Башкортостане — регионах, где исторически смешивались тюркское и русское население. Встречается и вариант написания Каптаков с ударением на второй слог, что характерно для южноуральского говора.

В отличие от многих фамилий с прозрачной семантикой, у Каптакова нет параллелей с животным или растительным миром — это чисто прозвищная фамилия, отражающая событие или качество человека. Сравнение с однокоренными фамилиями (например, Каптаев, Каптанов) показывает, что основа «капт-» в тюркских языках устойчиво связана с идеей захвата, удержания. Поэтому наиболее правдоподобная версия — прозвище «Каптак» давали либо пленному, которого «схватили», либо человеку с «хваткой» — энергичному, предприимчивому.