Фамилия Каптенар — редкий пример, когда в основе лежит не полное звание, а его сокращённая, обиходная форма. Исходное слово — «каптенармус», военный термин французского происхождения (от «capitaine d'armes»). В русской армии с конца XVII века каптенармусом называли унтер-офицера, который отвечал за учёт и хранение ротного имущества: оружия, снаряжения, обмундирования и провианта. По статусу он относился к старшим унтер-офицерам, мог налагать взыскания на нижние чины и был помощником командира взвода.

Фамилию образовали не от полного слова, а от усечённого «каптенар» — так в быту могли называть человека, занимавшего эту должность. Модель образования простая: прозвище перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, что для русских фамилий редкость. Обычно такие бессуффиксные фамилии встречаются в среде украинской или белорусской традиции, либо у выходцев из западных регионов России, где прозвища чаще переходили в фамилии без изменений.

Вероятнее всего, родоначальник Каптенар действительно служил каптенармусом. Звание это было невысоким, но ответственным: от его аккуратности зависело, будет ли рота одета, обута и вооружена. В документах XVIII–XIX веков прозвище «Каптенар» могли закрепить за солдатом или унтер-офицером, который долго занимал эту должность или получил её как характерную примету. Других версий происхождения фамилии нет — слово «каптенар» вне военного контекста не употреблялось.