Фамилия Каптенко звучит нарочито по-украински, но её корни уходят в латынь и военное дело. Это классический пример фамилии, образованной по малороссийской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «сын» или «потомок» и был распространён в среде казачества и мещанства. Основа — «каптен», искажённое от французского capitaine или польского kapitan, то есть «капитан». В Речи Посполитой и на землях Гетманщины так называли не только военных чинов, но и выборных старшин в казацких общинах.

Версия с прямым военным прозвищем — самая правдоподобная. Каптеном могли прозвать либо отставного капитана, либо человека, который служил при капитане, либо того, кто любил командовать в быту. В украинских говорах слово «каптен» иногда закреплялось как фамильное прозвище без связи с реальным чином — по характерной черте поведения. Суффикс -енко указывает, что родоначальник был известен под этим прозвищем, а его дети стали Каптенками.

Менее вероятна, но возможна связь с польским kapć — «коптить» или «дымить». В этом случае Каптенко мог быть сыном коптильщика или человека с тёмным, «закопчённым» лицом. Однако такая версия слабее: притяжение к военному термину даёт более естественное объяснение и для польской, и для украинской среды.

Географически фамилия тяготеет к центральной и восточной Украине — Черкасской, Полтавской, Киевской областям. В российских переписях XIX века Каптенко встречается редко и почти всегда в губерниях, граничащих с Малороссией. Это дополнительный аргумент в пользу того, что фамилия сложилась именно в казацкой среде, где военные чины и прозвища были бытовой нормой.

В отличие от фамилий вроде Капитанов или Капитанский, которые несут книжный или семинарский оттенок, Каптенко — народная, уличная форма. Она не протокольная, а живая: её давали не по бумагам, а по слову.