Фамилия Каптейн — одна из тех, что прямо указывает на профессию или общественное положение предка. Она восходит к слову captain — «капитан», и в этом смысле её можно считать «профессиональным» прозвищем. Скорее всего, основатель рода был моряком, капитаном корабля, хотя не исключено, что прозвище закрепилось за человеком с командирскими чертами характера: решительностью, ответственностью, умением вести за собой.

Фамилия имеет немецко-голландские корни, что подтверждается и её написанием, и географией бытования. В России и Прибалтике она встречается с конца XIX — начала XX века. В Книге памяти Калужской области отмечен Каптейн Иван Яковлевич, родившийся в 1881 году в Латвии. Там же, в Курляндской губернии, родился Освальд Карлович Каптейн (1899 год, имение Блидинс). А Каптейн Зинаида Григорьевна, 1901 года рождения, происходила уже из украинского города Кременчуг. Эти разрозненные записи показывают, что фамилия не была массовой, но встречалась в разных уголках империи, чаще всего среди потомков прибалтийских немцев или голландских переселенцев.

Наиболее известный носитель фамилии — Якобус Корнелиус Каптейн (1851–1922), голландский астроном. Он первым провёл масштабные исследования Млечного Пути и нашёл доказательства вращения галактик. Его работа сделала фамилию узнаваемой в научном мире, хотя в бытовом контексте она по-прежнему остаётся редкой и чётко ассоциируется с морским делом или командной должностью.